有关专家指出，我国长期以来只重视水产品加工的应用性研究，而忽视了基础性研究，从而导致了水产品深加工理论基础的缺乏，所以，首先要加强基础性研究工作。
其次，水产品深加工质量体系要和国际接轨，要加强HACCP（一种国际上流行的水产品认证体系）的普及应用。农业部于1999年发布的《水产品加工质量管理规范》，就是以HACCP为基础制定的。但我国目前上千家水产品出口企业中，只有1/4的企业产品质量达到HACCP法规的要求，多数企业都或多或少存在质量问题，在深加工上无法与国际接轨。
另外要进一步加强科技在水产品深加工中的比重，如生物工程和基因技术在水产加工领域的应用研究，如采用“高压技术”和“栅栏技术”，研制不经高温杀菌而能较长时间保存的色、香、味俱佳的水产加工品，如采用化学或物理方法相结合的新技术生产超细微粉末食品，“纸张食品”、和“气体食品”。
专家还建议水产品深加工还要注意开拓其他领域，不要只专注于食品这一领域。比如在进行方便不产食品、风味水产食品、模拟水产品食品等开发的同时，还要注意保健水产食品、美容水产食品等医药生物领域产品的开发。另外，水产品深加工还要注意市场营销，以完成深加工后的市场开发，比如要做到兼顾大众和特型顾客，要做到质量和包装的完美结合，要注意开发适应不同消费层次的产品等。