红薯不能与马铃薯混贮，原因有两个：
窖藏期要求温度不同红薯是喜热作物，种植是在温度高的夏季和早秋，窖藏期最适温度是10℃-15℃，如果温度过低，就会受冷害，严重时产生“硬心”腐烂。马铃薯是喜冷的作物，种植是在低温的早春和晚秋，窖藏期最适温度是1℃-5℃，如果温度过高，就会发芽变青有毒不能食用。
窖藏期要求通风透光不同红薯是块根贮藏，冬贮时呼吸微弱，需氧量很少，在无光黑暗不通风微氧条件下能安全越冬。马铃薯却不同，它是块茎贮藏，冬贮时，不仅要有一定的散射光，还必须有充足的氧气。如果缺氧，马铃薯被迫进行无氧呼吸，由于酒精中毒，而引起薯块“出汗”从而导致腐烂，所以，冬贮就要有很好的通风和适度的透光条件。
根据红薯、马铃薯在贮藏期的生理特性，如果把二者窖藏在一起，在管理上不可能二者温、光、氧的需要都能得到满足。结果不是马铃薯发芽有毒，就是红薯“硬心”，所以二薯切勿混合窖贮。