鹿茸加工结束后，用温碱水或肥皂水刷洗茸表，再用清水刷洗，将茸体表面的油垢等物刷洗干净(锯口和钉眼勿沾水)，彻底擦干茸表的水分，风干一天。称重、登记后按照规格、等级分别装入撒有樟脑粉的木箱，放在干燥处保存，防止潮湿、鼠害、虫蛀和丢失。长时间贮存时，应定时检查，观察其有无霉变和其他情况发生。
包装运输要求：运输鹿茸的木箱应坚固、严密、轻便，四壁光滑，一般规格为80厘米×60厘米×50厘米。装箱前应用几层包装纸或泡沫塑料等软物铺垫箱底，砍头茸用3厘米宽的纸条 (或绷带)，缠好茸体，头骨用几层纸包裹起来。头骨对着箱角，主干朝下平放，茸间用纸团塞紧。锯茸要分类、分等级装箱，茸与茸之间的空隙要塞入填充物，防止磨掉茸毛或窜动甚至将茸碰坏。装完箱后上面要盖几层包装纸，加盖并压实、压严，再将箱子捆紧。箱壁外面应贴有“防止潮湿”，“切勿倒置”等字样，并应办理检疫证明，然后才可运输。