刚从胆囊或胆管中取出的牛黄，其表面或核体内腔常常附有一层黏液、血液或黏稠的胆汁等，应以吸水纸吸附或将其及时清除干净，再用多层吸水纸轻轻包裹以备干燥处理。
牛黄干燥处理有两种方式，即自然干燥和烘烤。自然干燥时，放于阴凉干燥通风处，使其内在水分逐渐向外蒸发，直至内外全部干透。切忌日光下直接曝晒，以防胆红素氧化而变色。自然干燥处理的牛黄色泽鲜亮，形态完整不易龟裂，质量较好，但干燥所需时间较长，阴雨季节容易发霉变质，应注意防止。烘烤干燥通常是将牛黄放入40～50℃恒温干燥箱内进行干燥处理，温度不宜太高，否则将影响牛黄的色泽和牛黄质量。更不能将其放于火炉上直接烘烤。烘烤处理牛黄干燥较快，表面容易发生龟裂，天然牛黄块容易破碎。
对于一些表面清理不干净或干燥处理不当，表面色泽深暗的牛黄，可用硫磺熏蒸或通过其他氧化还原性药物处理，使其有所改观。
经以上处理完全干燥的天然牛黄，集中起来，即可出售。暂不出售的可装入棕色瓶内或其他容器，密闭，置阴凉干燥处保存。
出售前应尽可能保持其块状物形态的完整性。培育牛黄干燥后应将牛黄从核体上完全取下来集中保存和出售。有时根据收购商的要求，将核体连带牛黄完整保存，出售时待检查验收后再将牛黄从核体上取下。从核体上取下牛黄的方法是：将牛黄核体放于一内壁光滑的容器内，或在核体下铺垫一大张纸，用镊子或手轻轻按压揉捏核体，使附着于核壁的牛黄破裂成块状脱落，不易脱落的牛黄再用器械刮取干净。