薯干的淀粉粒较大，组织疏松，吸湿性强，因此贮藏的地方要干燥，否则薯干容易吸湿发霉、生虫。贮藏期间的温度对薯干有很大的影响，温度越高，持续越久，对品质的影响也就越大，薯干易变色、变味。经验表明，温度控制在20℃以下时，能长期保持其品质不劣变；超过30℃，薯干会失去原有光泽，白色减退；若贮藏时间长还会发生苦味。
薯干要做到安全贮藏，首先要提高入库质量，严格控制薯干水分的安全标准。需要长期保存的薯干其水分含量必须降到11％以下。另外还要做到分等贮藏，品质好次混杂、水分不一是薯干在贮藏中生霉变质的主要原因之一。在贮藏期间，应注意通风排湿。雨季时节，仓库的窗户要紧闭，防止其受潮和霉烂变质，保持其良好品质。